本病主要依靠患者的临床症状、体征、相关的实验室检查和宿主免疫功能受损情况进行诊断，具体检查方法如下：
胸部 X 线或胸部 CT：由于其他病原体感染肺部也可出现类似表现，一般影像学检查不能作为确诊依据，可帮助辅助诊断。
病原学检查：多次痰、支气管肺泡灌洗液、体液真菌培养。上气道念珠菌定植常见，气道分泌物包括痰和支气管肺泡灌洗液念珠菌培养阳性，不能作为感染的诊断标准。
血清 G 实验：阳性有一定提示意义，但不能区分念珠菌和曲霉菌感染。
组织病理学检查：诊断肺念珠菌病的金标准。可通过经肺穿刺活检或经支气管镜黏膜活检和肺活检等方法，直接取得支气管肺组织标本做病理学检查和特殊染色，以明确是否为肺念珠菌病。
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