著作16部，其中主编《慢性肾功能衰竭》、《常见肾脏病》、《继发肾脏》等5部著作，参加编写《实用中医儿科学》小儿肾脏病部分8部著作。
先后承担国家及省部各类课题二十六项。研究生课题获浙江省卫生厅1995年科技进步二等奖杭州市一等奖，为其主要完成人员，并在1994年首届国际肾脏病中西医结合学术大会上宣读。
2000年获得广安门医院第一个国家自然基金青年基金课题，课题完成被国家自然科学基金评为A级，在2002年香港《中医药与难治疾病论坛》大会宣读，通过北京市科委组织的成果鉴定，获2004年中国中医研究院科技进步三等奖。
2006年主持北京市自然科学基金课题，已完成，论文在全国中医、中西医结合学术会议大会宣读，并获2009年中国中医科学院科技进步三等奖。
2005年作为第二负责人参加了国家自然科学基金重大研究计划课题的研究，获2008年中国中医科学院科技进步一等奖，中国中西医结合学会一等奖。
2009年主持国家自然科学基金课题“从信号转导通路表达与调控探讨益气活血法对 EMT 抑制作用的分子机制”研究。
2010年参加国家973计划中医理论项目“基于肾藏精的脏象理论基础研究”分课题的研究。
其他主持课题如 “慢性肾衰血透人群中医证候与生存质量评价相关性”、“益气活血利水法治疗肾实质性高血压临床研究”等研究工作。参加国家科委九五攻关课题“糖微康治疗糖尿病肾病的临床与实验研究”，参加国家中医管理局重点课题“中医药学特色和优势的调查与研究”临床内科疾病治疗部分的研究工作，此项目已获中医药行业奖。参加国家中医管理局课题“缓衰方对慢性肾衰大鼠微血管新生抑制的影响”等多项课题研究。分别获得国家和省部级各项奖励11项。
先后在核心期刊杂志上和国内学术会议上发表学术论文80余篇，主编《慢性肾功能衰竭》等5部著作，参加编写8部著作。
发表的著作
1 主编 《慢性肾功能衰竭》科学技术文献出版社出版2000年出版
2 主编 《常见肾脏病》 中国医药科技出版社 2003年1月出版
3 主编 《继发性肾脏病》，中国医药科技出版社 2003年11月
4 主编 《脑血管病中医食疗验方》 辽宁科技出版社 1999年出版
5 主编 《 肾病名家传世灵验药对》，中国医药科技出版社 2010年出版
6 主编 《疑难杂病肾病证治》河南科技出版社 2021年7月出版
7 参编 《实用中医儿科学》1995年9月第一版 上海科技出版社出版
8 参编 《实用中医儿科学》 2005年12月 第二版 上海科技出版社出版
9 参编《中医走向世界》，浙江大学出版社2001年出版
10参编 《中医基础理论研究发展战略思考》（论文汇编）煤炭出版社1999年出版
11 参编《中医症状鉴别诊断学》第2 版 。人民卫生出版社出版，2000年出版
12 参编《器官纤维化基础及中医药防治》，人民卫生出版社出版 2008年出版
13 中医诊疗指南，广安门医院主编，人民卫生出版社出版好的
14 参加编写《血液透析基地培训教材》
15 《血液净化质控题库》医生部分
16 参编《现代中医肾脏病学》编委 2021年2月参编
发表论文
第一作者/通讯作者：
1.平肝清脑汤治疗神经性头痛. 浙江中医学院学报1991; 15(6): 18-19
2平肝解痉汤治疗血管性头痛162 例疗效总结。实用中西医结合杂志1991 ，4( 8 ) :470
3中药尿毒净胶囊治疗慢性肾衰的近期临床疗效观察 实用中西医结合杂志1995，8（8）：555
4.中药尿毒净治疗慢性肾功能衰竭的实验研究 中西医结合杂志1995;基础理论研究特集：163
5. 防己黄芪汤合当归芍药散治疗慢性肾炎局血压的临床报道. 中医药信息1997(5):28－30
6芪芍降压方治疗慢性肾炎高血压及其对肾功能的保护作用 新中医1998,30(3):15-17
7 .速效救心丸等治疗慢性肾衰合并缺血性心脏病的体会 中医杂志2000年增刊
8. 中医药在腹膜透析中的应用研究述评 中医药信息2001，18(1):1-3
9. 益肾降压方治疗肾实质性高血压的临床研究。 中国中西医结合急救2001, 8 (3):131-133
10 .益肾降压方对肾实质性高血压大鼠ET/NO的影响。中国中西医结合急救杂志. 2002, 9 (2):68-69
11. 益气活血利水法对肾性高血压大鼠血压及肾功能的动态影响。中国中医基础医学杂志. 2002，8（12）：26-29
12. 中医药治疗慢性肾衰机理研究概况 中国中医药科技2003,8(2)：134-135
13. 卡托普利对RPH大鼠肾脏内皮由来因子调控作用的研究. 中国中西医结合肾病杂志.2004,5(10)：566-569
14 .益肾降压方对RPH大鼠血压及肾脏病理组织形态影响的研究。中医药学刊，2005,23(6)：992-994
15. 益肾降压方对RPH大鼠血压及肾脏ET/No mRNAs表达的影响。中华中华药杂志，2005,20(9):528-530
16. 肾实质性高血压的中医认识和治疗。中华实用中西医杂志 2006，（8）：876－878
17. 单侧输尿管梗阻大鼠肾脏组织基质金属蛋白酶3、基质金属蛋白酶2和金属蛋白酶组织抑制因子2的表达及益气活血法的影响. 中国组织工程研究与临床康复,2007,11(51):10287-10291
18 肾实质性高血压中医治疗和研究进展 中国中医急症(J). 2007,16(12):1524-1525
19. 维持性血液透析患者的生存质量研究进展。中华实用中西医杂志 2008，21（19）：1409-1410
20. 维持性血液透析患者的中医证侯的临床研究。中国中西医结合急救杂志，2009，16（3）：134-136
21.益气活血升清降浊法治疗慢性肾衰远期疗效总结，中华中医药学刊，2009，27（4）：890-892.
22. 益气活血中药对肾间质纤维化大鼠肾组织中Ⅰ、Ⅲ胶原、MMP-1和TMMP-1表达的影响，北京中医药，2009，28（10）：816-818
23. 挤压综合症伴急性肾损伤的救治 河北医药，2009，31（20）：2795-2796
24 .益气活血中药对肾间质纤维化转化生长因子-β、smad2和smad3表达的影响.中国中西医结合急救杂志，2010，17（5）：263-266.
25. 维持性血液透析患者中医证侯与生活质量关系研究。中国中西医结合急救杂志，2010，17（6）：325-328 .
26. 薛伯寿教授谈治疗外感热病应知患者体质有异。北京中医药，2010，29（8）：590-591
27.分消走泄法在肾病治疗中的应用。北京中医药，2010，29（10）：；762～794
28 维持性血液透析患者生活质量影响因素分析. 中国危重病急救医学， 2010，22（12）：713-718
29 益气活血方对肾间质纤维化大鼠肾脏TGF-β/smads信号转导通路及结缔组织生长因子的影响.中西医结合学报，2010，8（12）：1165--1173
30 益气活血方对肾间质纤维化大鼠肾脏血清IL-10\ IFN-γ含量的影响. 北京中医药，2010，29（11）：871-873
31.薛伯寿教授应用升降散的临床经验，中华中医药学刊，2011,29(1):75-77
32.薛伯寿治疗头面部热毒性疾患验案介绍.中国中医药信息杂志,2011,18(4) :84-85
33.益气活血降浊复方对UUO大鼠肾组织TGF-β1-smad-ILK 信号传导通路影响的实验研究 中国实验方剂学杂志，2011,17（18）：109-153
34肾间质纤维化中医病因病机的认识探讨。辽宁中医药杂志。2011,38（12）：2373-2376
35 益气活血降浊方对TGF-β 1诱导人近端肾小管上皮细胞HGF、BMP-7表达的影响,北京中医药，2012，31（3）：226-228
36 肾间质纤维化的中医辨治浅析[J]时珍国医国药.2012,(03) 724-725刘晓倩;闫军堂;马春雷;刘文军
37 益气活血降浊复方对单侧输尿管梗阻大鼠肾小管上皮细胞转分化影响的实验研究，中华中医药学刊，2 0 1 2 ，30 （2）：253-256
38 益气活血降浊复方对单侧输尿管梗阻大鼠肾组织TGF- β1、?- SMA、 HGFBMP- 7 的影响.中华中医药杂志，2012,27（11）：2797-2802
39 刘文军,广安门医院血液净化中心26年透析用水化学污染物含量变迁.中国血液净化， 09期， pp 517-519， 2013
40 刘文军，从标本缓急论治慢性肾小球疾病蛋白尿，现代中医临床，2014，5月,23（3）：12-15
41 刘文军，罗涛;抗震前线归来谈肾脏救援[N];中国中医药报;2008年中国中医药报, 2008-07-16 （科普）
42 刘文军.经典名中药-六味地黄丸.大众健康2009,10:79-80（科普）
43 刘文军 经典名中药-金匮肾气丸.大众健康 2010,2:7677（科普）
44 刘文军。如何发现慢性肾脏病和尿毒症(上）家庭中医药。2011，18（6）：28-29（科普）
45 刘文军。如何发现慢性肾脏病和尿毒症（下）家庭中医药,2011，18（7）：28-29（科普）
46 薛伯寿教授调畅气血升清降浊治疗疑难杂症经验,环球中医药, 2015, 8(2):213-215
47 薛伯寿教授应用升降散方药配伍规律的数据挖掘研究,《中国中医基础医学杂志》2015年 第8期
48 从标本缓急治疗IgA肾病蛋白尿 环球中医药 2017，(1)
49成人肾病综合征中医证候和方药规律分析 中医学报, (04), pp 881-886, 2019（许琳洁; 郑瑀; 赵莺路; 施蕾; 庞礡; 刘文军通讯作者;
50浅析和解分消调畅气血法治疗慢性肾病 环球中医药, (11), pp 1772-1774, 2018 （赵莺路; 刘文军通讯作者;
51 经方为主治疗透析患者睡眠障碍经验中国中医药信息杂志, (08), pp 113-115, 2017游培博; 刘文军通讯作者;
52 “通法”治疗慢性肾衰竭 中医杂志 2020 年 4 月第 61 卷第 7 期 635-637刘文军通讯作者;
53 过敏性紫癜性肾炎方药规律及中医证候分析 世界中医药 2020 年8 月第15 卷第16 期 2491-2493刘文军通讯作者;
54 维持性血液透析患者伴睡眠障碍干预疗法的研究进展 世界睡眠医学杂志 2020 年3 月第7 卷第3 期 March． 2020， Vol． 7， No． 3 555-558刘文军通讯作者;
55 刘文军教授运用升降散加减治疗 慢性肾炎验案 1 则 天 津 中 医 药 2020 年 7 月第 37 卷第 7 期 812-814刘文军通讯作者;
56 肾性水肿调气四法 庞 礴 施 蕾 许琳洁 刘文军 北京中医药 2021 年 6 月第 40 卷第 6 期 610-613刘文军通讯作者;
第二作者及以上
57 全氟化合物在医学领域的应用 中国医药工业杂志 1997. 28(7): 324-326
58 腹膜透析常见并发症的中医治疗。中国中西医结合肾病杂志 2001. 2(3): 183-184
59 益肾降压方对肾实质性高血压大鼠血压及肾功能的影响。海军医学杂志，2002，23（2）:105-109
60益肾降压方对肾实质性高血压及RAS系统物质的作用研究。中国医药学报 2002，17(4): 207-210
61 .益肾降压方对RPH大鼠降压及肾脏保护作用的研究。2003,28(8)：746-750
益肾降压方对RPH大鼠内皮由来因子的调控作用。中国药理学通报 2005. 21(5): 625-628
62.转化生长因子β细胞内信号转导负调控蛋白Smad6，7在肾间质纤维化大鼠肾脏表达与益气活血法的影.响(J). 中国组织工程研究与临床康复,2007,11(45):9059-9062
63中间型地中海贫血患者中医证候分布规律研究 王文娟;?刘文军;?吴志奎?等 中医杂志 2007.8
64 益髓生血颗粒治疗β-地中海贫血患者自身对照比较研究 吴志奎; 张新华; 刘咏梅 刘文军等 中国中医药信息杂志 2007/03
65补肾益髓法治疗β-地中海贫血的平行对照临床研究.中西医结合学报,吴志奎; 刘咏梅; 张新华刘文军2007,5(2):137-140.
66 益气活血、利湿降浊法治疗慢性肾衰竭远期疗效分析 王丽;?占永立;?饶向荣? 刘文军等 新中医 2009/01 16 250
67 中间型β珠蛋白生成障碍性贫血患者及其父母中医证候家系调查 王文娟;?吴志奎;?张新华 刘文军?等 中西医结合学报 2009/02 11 77
68 460例慢性肾功能衰竭患者中医证候特征分析 赵宇;?占永立;?饶向荣? 刘文军等 中医杂志 2009/05
69 维持性血液透析对尿毒症患者证候转化的影响 李深; 熊仁芬; 张改华 刘文军 等 中医杂志 2011/17 23
70 Wang Wen-juan; *Wu Zhi-kui; Zhang Xin-hua; Liu Yong-mei; Fang Su-ping; Zhang Chong; Liu Wen-jun; Li Min; Wang Rong-xin; Luo Rui-gui; Li Ping-ping
71 Liu, Li; Long, Gang; Ren, Jianwei; Li, Jijun; Xu, Jinsheng; Lei, Jinghong; Li, Mao; Qiu, Moyan; Yuan, Ping; Sun, Weiming; Lin, Shan; Liu, Wenjun; Sun, Yi; Ma, Yingchun; Mao, Yonghui……
A randomized controlled trial of long term effect of BCM guided fluid management in MHD patients (BOCOMO study): rationales and study design BMC Nephrology, 13卷, 2012/9/25. 期刊论文, SCI, 1. 644(2012)
72 Effect of Yisui Shengxue Granule (c ＞ Se
73 路晓光；倪振生；刘文军；冯博；岳玉和,维持性血液透析患者血清白蛋白与生存质量的关系.河北医药， 21期， pp 3222-3223， 2013
74灸药结合防治血液透析中低血压(厥脱证)的临床研究 刘鹏;?邱模炎;?王红? 刘文军等中华中医药杂志 2014/02
75益髓生血颗粒治疗血红蛋白H病随机对照临床研究 王文娟;?方素萍;?刘咏梅?刘文军 等 中国中医药信息杂志 2014.5
76 从湿热血瘀论治血液透析低血压的临床研究 杨丽平;?韩东彦;?刘文军?等中国中医急症 2014.6
77 益气降浊胶囊联合西药治疗慢性肾功能不全的疗效研究 岳玉和; 刘文军; 路晓光; 张改华 陕西中医, (01), pp 66-67, 5-1-2016
78 平糖益肾汤联合厄贝沙坦治疗早期糖尿病肾病患者疗效研究、岳玉和; 王丽; 刘文军辽宁中医药大学学报, (05), pp 195-197, 4-2016
79 益气清热膏联合厄贝沙坦治疗慢性肾炎临床观察岳玉和; 王丽; 刘文军 湖北中医药大学学报, (02), pp 58-60, 20-4-2016
80基于证素分析的维持性血液透析患者证候特征研究 栾洁;?孙仲宜;?刘文军?等中华中医药杂志 2016/09
