深圳市中医院药学部下设有中药科、西药科、药品科、临床药学科等四个二级科室，提供药品采购供应、处方调剂、中药代煎配送、药学门诊、处方审核、用药咨询、中药药膳食疗、保健养生等科普宣传服务，具有药事管理、药品质量控制、教学、科研等职能。构建合理用药为中心的中西药临床药学服务体系是药学部主要发展方向。药学部现有职工120人，其中药学专业技术人员106人，高级职称25人（其中中药人员14人），中级职称34人。中药特色技术传承人才4人，硕士生导师2人，硕士研究生有13人，博士研究生3人。

药学部于2017年7月获批成为“中华中医学会中药临床药师培训基地”，基地有通科、肺病、肿瘤三个专业，至今年已招收培养9名培训学员，其中6名学员已顺利结业。药学部于2019年获批成为广东省中医药局“十三五”重点、特色专科中药药剂（临床药学）建设项目单位。临床药学科现有临床药师9人，其中中药临床药师3名，全日制博士2人，全日制硕士3人，取得中药临床药师培训师资3人、临床药师资格证4人。临床药学科现有专业的抗凝药师和肠外肠内营养药师各1名。有3名临床药师获得美国药师协会药物治疗管理（MTM）资格证，其中1人拥有美国药师协会MTM师资证书。临床药学科率先在深圳市开设了药学门诊，为患者提供MTM门诊、营养药学门诊、肿瘤药学门诊、抗凝门诊、头痛用药管理门诊、镇痛用药管理门诊等特色专科服务，并与妇科联合开设了（多囊卵巢综合征）PCOS专科门诊。

药学部于2020年1月获批为广东省中药药事质量控制中心副主委单位，2020年已申报深圳市中医医疗质量控制中心中药药事主委单位。深圳市中医药学会中药专业委员会、中药房管理专业委员会,深圳市药学会中药管理专业委员会、临床中药学专委会均挂靠在我院药学部，四个专业委员会每年联合举办市级继续教育项目，并已举办多次中药主题沙龙或各种中药竞赛。近三年，获国家级、省级、市级科研立项课题7项。我院药学部自成立以来，认真贯彻执行药政管理的有关法令、条例和规章制度，促进我院合理使用药品，确保用药安全有效。