(1)前列腺感染的原因复杂，全国各地医院、民营医院治疗并且没有明确的治疗方法及可行的疗效判定方案。虽然2006年出版《前列腺炎治疗指南（试行）》，但还未普及。所以各地甚至一个医院里不同医生治疗理念也不同。所以治疗效果有差距。
(2)前列腺位置较深，其分泌物要经前列腺管排入尿道，有些前列腺管与尿道呈直角或斜行进入尿道，分泌物不容易排出，尤其在发生感染时，易造成腺管堵塞，因引流不畅而使炎症不易消退。
(3)慢性前列腺炎常与精囊炎、尿道炎、膀胱炎等同时存在，互为因果。
(4)前列腺表面有一层脂质包膜，大多数抗菌药物难以透过包膜，进入腺体，达到有效的抑菌浓度。（虽然很多民营医院或者医疗器械厂商宣传他们有办法使药物通过薄膜，但都不可信。）
(5)慢性前列腺炎多发于中青年男性，这一年龄段正是性生活的频繁期，性冲动可引起前列腺的反复充血，过频的性生活也易引起细菌逆行重复感染。但不过正常性生活对前列腺炎治疗也不利，应该保证每周1－－2次，促进前列腺液排除，因为前列腺液长时间淤积，就会是一个细菌的培养基。
(6)慢性前列腺炎患者多试用过多种治疗方法，如抗生素、理疗及前列腺注药等，但不系统地使用抗菌素，可使细菌产生抗药性；盲目的前列腺注射及热疗可使腺组织硬化并形成瘢痕，不利于炎症引流。加之患者多有不同程度的精神紧张及焦虑，这些都为前列腺炎的治疗增加了困难。
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