三甲
要查耳聋病因，如何选择基因检测项目？
耳聋的病因很多，包括遗传、噪声、药物和感染等。其中，遗传因素是耳聋的最主要病因，约占所有先天性重度-极重度感音神经性耳聋的60%。
耳聋基因众多，已经明确的人类非综合征型耳聋基因有120个，明确耳聋病因对于采取有效的预防干预手段至关重要，耳聋基因检测是目前临床普遍开展的检查项目。
由于遗传性耳聋以隐性遗传为主，患者通常没有耳聋家族史。因此，无论是否有耳聋家族史，双侧感音神经性耳聋的患者均建议做耳聋基因检测。另外，在大量的迟发性听力下降的患者中，亦有许多患者由遗传因素致病，所以遗传性耳聋不等于先天性耳聋。
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目前，应用于临床的耳聋基因检测项目大致分为五类：
1.耳聋基因致病热点突变筛查；
2.常见耳聋基因测序（Sanger法）；
3.耳聋基因目标区域捕获二代测序（通常为已知耳聋基因外显子区域）
4.基因组全外显子组测序；
5.全基因组测序（外显子+内含子）。
那么，面对众多复杂的耳聋基因检测项目，该如何选择呢？
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现将以上各类检测的优点和局限进行介绍：
1
耳聋基因致病热点突变检测
这项检查主要针对中国人群的热点耳聋基因（GJB2，SLC26A4，线粒体基因）和热点突变进行检测，通常用于人群筛查。
优点：价格便宜（约1500元），虽然覆盖基因和位点较少，但均为致病性比较明确的热点突变（GJB3 538位点除外），检测时间短，检出率高，特异性强，结果解析容易。
不足之处：覆盖位点少，不能涵盖所有已知耳聋基因，如果检测结果为阴性，需要进行更全面的耳聋基因检测。如果为芯片检测，最终确定诊断需要做一代测序验证。
2
常见耳聋基因测序（Sanger法）
一般来讲，该检测主要针对中国人群最常见的耳聋基因GJB2，SLC26A4以及线粒体的检测，采用一代测序，准确度高。如果基因芯片筛查结果为阳性，建议使用常见耳聋基因的全测序进行验证和确诊。对于CT明确诊断为大前庭水管综合征的患者，可直接采用SLC26A4基因全测序的方法确定致病性变异。
优点：准确度高，可确诊，针对3个常见耳聋基因检测时间约1-2周，检出率高，结果解析容易。
不足之处：由于一代测序成本高，价格在2000，通量低，无法同时针对更多基因进行检测，限制了其临床应用。
3
耳聋基因目标区域捕获二代测序
耳聋基因目标区域捕获二代测序通常为已知耳聋基因外显子区域。采用二代测序方法同时分析几乎所有已知聋基因的全外显子组区域，该检查比较全面，既包含常见耳聋基因，又包括罕见的耳聋基因。
优点：通量高，可同时检测超过100个耳聋基因，价格适中，约3000-4000。由于检测的基因多为已知的致聋基因，数据解析相对全外显子组和全基因组测序要简单。
不足之处：检测周期长，通常为1~2个月，筛选到可疑致病变异后需要采用一代测序验证，有时变异性质无法明确。
4
全外显子组测序
采用二代测序方法检测所有基因的编码区（外显子区）。目前认为致病性变异80%位于外显子区域，而外显子组仅占基因组的1%，因此针对全基因组外显子的检测更经济，数据分析更便捷。推荐1-3检测无阳性发现的耳聋个体选择该检测，尤其当患者除了耳聋还合并其它系统异常，或者有明确耳聋家族史。
优点：除了检测已知耳聋基因外，同时检测所有基因，有可能发现耳聋新基因。
不足之处：检测周期长，约2~3个月，价格高，约6000-10000元，筛选到可疑致病变异后需要采用一代测序验证，有时变异性质无法明确。需要特别强调的是除了检测已知耳聋基因外，还有可能在未明确与耳聋相关的基因上发现致病性无法明确的变异。
5
全基因组测序
采用二代测序方法检测所有基因的编码区和非编码区（外显子和内含子）。只有通过1-4检查无阳性发现，且有明确遗传家族史的个体选择全基因组测序。
优点：是目前检测范围最广的测序手段，可能发现位于内含子区域的致病性变异。优点：基因组全覆盖，检测通量大。
不足之处：检测周期长，6-12个月，价格高，大于10000元。筛选到可疑致病变异后需要采用一代测序验证。需要特别强调的是由于内含子区存在大量无法解析的变异，数据积累少，目前数据分析能力不足。
摘自301医院 聋病分子诊断中心
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