食道闭锁的发病虽然与某些基因或染色体异常有一定的相关性，但并没有直接的遗传关系，绝大多数病例是散发病例。父母不患病也可能生出患病的孩子，患病的孩子将来长大生的孩子也不一定患病。如果家族中有食道闭锁病例，那么第一胎患病的概率约为0.5%-2%，已经有一个孩子患病，那么再生一个孩子患病的几率约为3%-4%。
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