近年来出现了有关质子泵抑制剂（PPIs）的安全性的顾虑。具体顾虑-PPI与氯吡格雷之间可能的相互作用；PPI应用及骨折之间的可能的关联；长期应用PPI会导致低镁血症的可能性。体外研究中有证据表明氯吡格雷至少与某些PPI类药物之间存在相互作用。食品与药物监督管理局（FDA）已经针对某些PPI药物在服用氯吡格雷的患者中的应用发出了警告。不过，一项随机对照试验对氯吡格雷单独用药与联合应用氯吡格雷和奥美拉唑进行了比较，发现负性心血管结局没有增加，而奥美拉唑引起的负性胃肠道结局的发生率下降。PPI的应用可能是一些骨折的一项较弱的危险因素，不过证据质量相对较差，并且存在强烈的混杂因素影响的可能性。对PPI用药为何可能增加骨折风险目前还不清楚。目前，还没有推荐对服用PPI治疗的患者采取额外的，包括补钙及骨矿物质密度测定的措施。FDA已经建议对应用PPI治疗的患者监测血清镁浓度。PPI引发的低镁血症的机制及发生率均不清楚。在确实需要PPI治疗的患者中不应停药，不过应该采用最小有效剂量并且只在临床有指征时才给予用药。当然，这一原则也同样适用于所有药物。PPI治疗的益处远远大于其风险。
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