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一般认为胃食管反流病的癌变率很低，但需指出，有少数反流性食管炎，由于未正规治疗或未经治疗致食管下端粘膜长期受反流物的侵蚀，可发生不应出现的柱状上皮化生，则有癌变风险，胃内容物长期刺激食管粘膜就会引起发生改变化，也就是进入癌前病变，就像发生不典型增生，然后就会导致肿瘤的出现。
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例如食管下段腺癌、贲门癌，在食管粘膜修复的过程中，鳞状上皮被柱状上皮取代，称之为巴雷特食管，是食管腺癌的主要癌前病变，我国贲门癌的发生率较高，目前认为与胃食管反流病的长期刺激有关系，如果巴雷特食管伴有不典型增生，长期没有治疗可能增加癌变的风险，巴雷特食管患者，发生食管癌的估计危险性约为1%，然而近年来的你。癌的流行病学资料表明，巴雷特食管的组织学类型尤为重要，只有长形化身，会发展为癌，确诊巴雷特食管，并鉴别其组织学类型，确定不典型增生，即腺癌，必须经内镜及活检，不典型增生的组织学诊断，可分为，低度和高度，有高度不典型增生的巴雷特食管患者发生癌的危险性显著增加，巴雷特食管发生啊。I被认为是始于胃食管反流，有研究显示，每周有一次以上烧心反流或两种以上症状的胃食管反流病患者，其发生食管腺癌的危险性增加7.7倍，这一研究同时显示症状严重程度和频度增加，病程超过20年的患者发生食管腺癌的危险性增加43.5倍，这些资料加重了人们对胃食管反流病发生癌变危险性的忧虑，巴雷特食管是食管腺癌的主要病因。
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其癌变的危险性，随着反流性食管炎症状持续时间的延长而增加，胃食管反流应该被视为发生癌变的潜在的病因，为了预防严重的临床效后果，患者应尽可能造地积极治疗，一般认为胃食管反流病的癌变率很低，但需指出有少数反流性食管炎由于未正规治疗或未经过治疗，致食管下端粘膜长期受反流物的侵蚀，可发生不应出现的柱状上皮化生则有癌变的危险。
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